من ضمن مبادرات الشيخ خليفة بن زايد آل نهيان رحمه الله، تقرر تشييد جامع الشيخ زايد الكبير - الفجيرة، ليكون ثاني أكبر جامع في الدولة بعد جامع الشيخ زايد الكبير في أبوظبي مركزًا إسلاميا و ثقافيًا متميز ا و فريدا من نوعه ؛ و ليصبح المعلم الحضاري والمعماري الذي يميز إمارة الفجيرة ويرتبط باسم الشيخ زايد ويعكس من خلاله رسالة دولة الإمارات العربية المتحدة، النابعة من ثقافة التسامح والتعايش والسلام .تحاكي عمارة جامع الشيخ زايد في الفجيرة أساليب العمارة العثمانية التقليدية و يحتل الجامع مساحة واسعة من الأرض في قلب حيث تبلغ المساحة الكلية للجامع 38,580مترا مربعا و يتسع ل 28 ألف مصل منهم 2,500 في المنطقة المخصصة للنساء.